Giai đoạn từ sau khi xổ nhụy đến khi thu hoạch kéo dài khoảng 90 đến 120 ngày tùy thuộc vào giống sầu riêng (như Ri6 hay Dona/Thai). Đây là chặng đường dài nhất, tốn nhiều công sức và quyết định trực tiếp đến năng suất, thương phẩm cũng như chất lượng cơm của quả sầu riêng. Mục tiêu tối thượng của giai đoạn này là giữ tối đa lượng trái cần thiết, giúp trái nhanh lớn, tròn hộc, không bị méo mó, đạt sinh trưởng tối ưu và không bị rụng do cạnh tranh dinh dưỡng hay sâu bệnh tấn công.

Ngay sau khi hoa xổ nhụy hoàn tất (chế độ cánh hoa và nhụy đã rơi rụng hoàn toàn), cây sầu riêng bước vào giai đoạn chạy trái non vô cùng nhạy cảm. Công việc đầu tiên cần kiểm soát chặt chẽ là chế độ nước tưới. Trong 7 đến 10 ngày đầu sau xổ nhụy, bà con chỉ tưới nước với lượng nhẹ (khoảng một nửa đến hai phần ba lượng nước bình thường) để giữ ẩm nhẹ cho mặt đất. Tưới dư nước trong thời điểm này sẽ khiến cây bị sốc, làm rụng trái non hàng loạt. Khi trái bắt đầu bằng ngón tay cái và tròn đều, lượng nước tưới sẽ được tăng dần lên theo mức bình thường và duy trì ổn định 1 đến 2 ngày một lần.

Một trong những kỹ thuật mang tính sống còn ở 30 ngày đầu sau xổ nhụy là quản lý cơi đọt. Trái non ở giai đoạn này rất dễ bị rụng nếu cây xuất hiện đọt non (đi đọt), vì đọt non sẽ tranh chấp toàn bộ dinh dưỡng của trái. Bà con cần chủ động quan sát đầu cành: nếu thấy đọt nhú hạt gạo hoặc mũi giáo, phải phun chặn đọt ngay bằng các dòng phân bón lá có hàm lượng Lân và Kali cao như MKP hoặc các sản phẩm chặn đọt chuyên dụng để làm đọt cụt hoặc đứng lại. Chỉ đến khi trái đạt từ 60 ngày tuổi trở đi (trái đã qua giai đoạn rụng sinh lý nguy hiểm), việc cho cây đi đọt mới được xem xét kỹ lưỡng dựa trên sức khỏe của tán cây.

Kỹ thuật tỉa trái đóng vai trò quyết định đến kích thước và độ đều của quả khi thu hoạch. Một cây sầu riêng không thể nuôi toàn bộ số trái đậu trên cành. Bà con cần tiến hành tỉa trái qua 3 đến 4 đợt. Đợt một thực hiện ở tuần thứ 2 sau xổ nhụy, loại bỏ các trái méo mó, trái vẹo hộc, trái bị sâu bệnh và các trái trong cùng một chùm bị chèn ép nhau. Đợt hai thực hiện ở tuần thứ 4 đến thứ 5, tiếp tục tỉa bỏ các trái phát triển chậm hơn so với mặt bằng chung, chỉ giữ lại từ 2 đến 3 trái đẹp nhất trên một chùm. Đợt ba và đợt bốn thực hiện ở tuần thứ 7 đến thứ 10, tiến hành định số lượng trái cố định cho từng cành và toàn cây (ví dụ cây 7 đến 8 năm tuổi khỏe mạnh chỉ nên giữ từ 60 đến 80 trái), đồng thời loại bỏ triệt để các trái bị giật hộc hay cong queo.

Về chế độ dinh dưỡng, việc bón phân gốc và phun qua lá cần tuân thủ theo độ tuổi của trái:

Giai đoạn trái từ 1 đến 30 ngày: Ưu tiên bón các dòng NPK có tỷ lệ cân bằng như 15-15-15 hoặc 16-16-16 với lượng nhỏ chia làm nhiều lần bón. Trên lá và trái, phun định kỳ 7 đến 10 ngày một lần các dưỡng chất Canxi-Bo, Amino Acid, Vi lượng để giúp cuống trái dai chắc, tế bào trái phân chia nhanh, hạn chế hiện tượng rụng trái sinh lý và nứt đít trái sau này.

Giai đoạn trái từ 45 đến 80 ngày (giai đoạn phình trái, lớn nhanh): Cây cần lượng dinh dưỡng rất lớn để phát triển vỏ và cơm. Dưới gốc bón NPK có hàm lượng Đạm và Kali nhỉnh hơn như 17-7-17 hoặc 15-5-20. Kết hợp bổ sung phân hữu cơ nở để duy trì độ đệm cho đất. Phun bổ sung Trung vi lượng (nhất là Magie và Kẽm) giúp lá giữ độ xanh bóng, không bị cháy lá do kiệt sức nuôi trái.

Giai đoạn trái từ 85 ngày đến trước thu hoạch 15 ngày (giai đoạn lên cơm, lên màu): Cây cần hàm lượng Kali rất cao để chuyển hóa đường, làm cơm sầu riêng có màu vàng đậm, dẻo béo và thơm ngon. Bà con bón các dòng NPK Kali cao như NPK 12-11-18, NPK 15-5-25 hoặc tưới Kali Sunfat (Sulfate). Tuyệt đối không bón phân có chứa Clo (như Kali Clorua) vì sẽ làm cơm sầu riêng bị sượng, nhão nước.

Đi đôi với việc nuôi trái, công tác phòng trừ sâu bệnh hại trái phải được duy trì liên tục. Rệp sáp là đối tượng nguy hiểm nhất, chúng thường đu bám ở kẽ gai trái từ khi trái còn nhỏ để chích hút, tạo điều kiện cho nấm bồ hóng phát triển làm đen vỏ trái, làm giảm nghiêm trọng giá trị thương phẩm. Sâu đâm trái (sâu đục quả) cũng thường đẻ trứng vào khe tiếp xúc giữa các quả trong cùng một chùm. Bệnh thối trái do nấm Phytophthora gây ra xuất hiện phổ biến vào mùa mưa, làm trái bị thối xì mủ từ đít trái hoặc vùng tiếp xúc. Bà con cần phun phòng định kỳ bằng các dòng thuốc đặc trị rệp sáp, sâu vi sinh và thuốc trừ nấm gốc Metalaxyl, Mancozeb hay Phosphonate.

Khi trái đạt trọng lượng lớn (từ 60 ngày tuổi trở đi), nguy cơ gãy cành hoặc rụng trái do gió bão là rất cao. Bà con cần tiến hành cột dây neo trái. Dùng dây nilon chuyên dụng cột trực tiếp cuống trái vào các cành to, đồng thời liên kết các cành mang trái lại với thân chính hoặc cột chéo các cành với nhau để phân tán lực gánh.

Cuối cùng, trước thời điểm thu hoạch dự kiến từ 15 đến 20 ngày, bà con cần ngưng toàn bộ việc bón phân hóa học và phun thuốc bảo vệ thực vật qua lá để đảm bảo an toàn vệ sinh thực phẩm, không tồn dư hóa chất. Duy trì tưới nước nhẹ ổn định để giữ trái không bị sốc nhiệt cho đến ngày thu hoạch trọn vẹn.